طالقانی و دیگر علما، در مخالفت با ایدئولوژی مارکسیستی سازمان پیکار، فتوایی ضد هم‌سُفره شدن با مارکسیست‌ها در زندان‌ها صادر کردند که منجر به مخالفت بعضی مارکسیست‌ها با وی شد.[۲۱] اما سید محمدمهدی جعفری که از همراهان قدیمی محمود طالقانی بود، در کتاب مجاهدین خلق از درون می‌گوید که طالقانی حاضر به امضای این فتوا نشد.[۲۲] نیز یکی از فرزندان طالقانی (مجتبی طالقانی) به جمع مارکسیست‌های سازمان پیکار پیوست و روابط طالقانی با او هرگز بد نبود.[۲۳] مجتبی طالقانی در یک نامه به پدرش، تغییر ایدئولوژی و گرویدن به مارکسیسم را به اطلاع او رسانده بود.